9月30日，"神之右席"成员前方之风为了消灭上条当麻，入侵学园都市，使用"天罚"术式，造成大量人员昏迷。理事长亚雷斯塔启动了"人工天界"，封印所有魔法，风斩冰华由此变为"人造天使"，她吐血的原因在于魔法被封印。为了开启"人工天界"，必须回收"最后之作"。于是，理事长派遣木原等人袭击一方通行，但一方为了保护"最后之作"而引发大混乱。在打败木原后，一方为了守护"最后之作"，不得不与学园都市的暗部合作，否则将杀害他和"最后之作"。学园都市的暗部，相当于国民党的军统，执行暗杀、灭口和镇压等任务。土御门元春是学园都市的间谍，也是暗部成员，结标淡希被捕后被迫加入暗部。四人现在都是暗部成员。"930"事件成为了魔法势力与科学势力冲突的导火索，学园都市变得极为不安全。为了女儿的安全，御板美玲打算带美琴离开学园都市，但理事长认为这会使学园都市失去重要战斗力，因此强迫无能力者去杀害美玲。然而，这一行动被一方和上条当麻阻止。从那时起，暗部成员才真正联手。动画版第二季仅完成了一半的故事，精彩情节全部在第三季中。制作组为了赶进度删去了部分内容，23集和24集是小说SS1的内容。第二季原本应在22集时结束，但为了给第三季铺垫，硬生生加上了23、24集。暗部 GROUP是学园都市的一个地下组织，类似于美国国民党的军统特务组织，执行极为"黑暗"的任务。该组织受学园都市理事长亚雷斯塔.克劳利管辖，成员包括土御门元春、一方通行、海原光贵（艾扎力）和结标淡希。他们背后有庞大的人员支持，包括后勤保障和隐灭证据。暗部的职责是维持学园都市内部的安定，执行"无法向光明表达的事"，包括暗杀、灭口、消除资料和镇压等。这个组织是学园都市数个"暗部"之一，一旦加入，就相当于坠入了"黑暗"。他们四人都是为了守护自己重要的人才加入这个组织。
