一段序列顺序为1-2-3-4，目的片段为2、3之间，先用1、4引物对扩增，然后用扩增产物为底物，用2、3引物对再次扩增，就是巢式PCR了。1、4引物对就是外引物，2、3引物对就是内引物。
巢式PCR是一种变异的聚合酶链反应(PCR)，使用两对（而非一对）PCR引物扩增完整的片段。第一对PCR引物扩增片段和普通PCR相似。第二对引物称为巢式引物（因为他们在第一次PCR扩增片段的内部）结合在第一次PCR产物内部，使得第二次PCR扩增片段短于第一次扩增。巢式PCR的好处在于，如果第一次扩增产生了错误片段，则第二次能在错误片段上进行引物配对并扩增的概率极低。因此，巢式PCR的扩增非常特异。
