江苏省的“双百工程”在不同领域有不同含义，主要包括自主创新领域和生产性服务业领域两类。
江苏省科技厅制订的《江苏省自主创新“双百工程”实施意见》提出，全省确定100个重大自主创新产品和100家自主创新企业进行重点培育发展。该工程设定了明确的发展目标，力争到2012年，100个重大自主创新产品实现销售收入3000亿元，100家自主创新企业实现经营收入12000亿元。通过重点培育，旨在形成一批拥有国际知名品牌的重大自主创新产品，打造一批具有国际竞争力的创新型企业，提升江苏省在自主创新方面的实力和水平。
《江苏省生产性服务业双百工程实施方案》提出的“双百”工程，包含百企升级引领工程和百区提升示范工程。百企升级引领工程的目标是至2020年，百家领军企业户企营业收入增速明显高于同行业平均水平，户企税收贡献年均增长15%左右，力争户企平均年度利税达千万元。百区提升示范工程则从提高产业集聚度、优化产业链条、促进企业融合发展等方面采取措施，推动生产性服务业集聚区提升发展，培育形成100家在全国有较强影响力和示范作用的生产性服务业集聚示范区，促进江苏省生产性服务业的高质量发展。
此外，国采云在江苏开展的“双百工程”旨在打造100个区域示范型数字化采购样板，深度培育100家政企服务商战略合作伙伴，但这不属于江苏省政府主导的“双百工程”范畴。
