宫古水道和横当水道在地理位置、战略地位、自然条件、航运价值等方面存在明显区别。
地理位置：宫古水道位于琉球群岛南部海域，属于先岛诸岛的一部分，包含宫古岛、石垣岛、西表岛、与那国岛等岛屿。而横当水道位于琉球群岛北部，夹在横当岛与奄美大岛之间，北接东海，南通西太平洋，吐噶喇列岛在不远处，奄美大岛是这一带最大的“陆地坐标”。
战略地位：宫古水道是重要的国际水道，日本在该区域划过三海里领海，剩下部分可自由航行。与那国岛离我国很近，日方不断加强部署，使得该区域较为敏感。横当水道位置极为关键，西北方向约800公里是中国上海，往北约300公里是日本九州，像卡在东亚大陆和日本本土之间的小关节。它和宫古海峡一南一北呼应，南边宫古海峡，北边横当水道，刚好在第一岛链中段到北段之间，如同两扇门，一扇通向菲律宾和关岛方向，一扇更靠近日本本土与北太平洋航路，掌握这两扇门对西太方向的出入节奏、战略节奏有更多发言权。
自然条件：横当水道主航道宽度在110公里上下，大面积水深超过200米，主航道水深在1000至3000米之间，没有浅滩、暗礁、沉船等通航障碍。航道宽，水深足，不过水文环境有一定复杂度，洋流、海底地形变化较多，对水面舰艇是航行空间宽裕的通道，对潜艇部队来说深水配上复杂水文有隐蔽性。而宫古水道文中未详细提及自然条件相关内容。
航运价值：横当水道承担着重要的航运任务，中国东部沿海港口船往南走，目标为澳大利亚、南太平洋岛国这一片，线路选横当水道的话，直接穿出第一岛链，走的是笔直路线，与绕宫古海峡的航线对比，距离少近200海里，对货轮来说能节省数十小时航程和可观的燃油开支。对日本来说，周边航线是九州和琉球群岛之间的海上生命线，运输补给、民用物资、岛上居民出行很多都绕不开。宫古水道文中未详细提及航运价值相关内容。
