旗舰店、专卖店与专营店的区别如下：
一、在定义上的区别：
1、旗舰店：是商家以企业自有品牌入驻淘宝商城，所开设的店铺称为该品牌的“官方旗舰店”。
2、专卖店：企业持正规品牌授权书，在淘宝商城开设该品牌的店铺，称为“品牌专卖店”。
3、专营店：企业在淘宝商城同一级类目下经营多个(至少两个)品牌，此类店铺称为“专营店”
二、在经营主体上的区别：
1、旗舰店：自有品牌企业(品牌须为申请开店的企业所有或企业法定代表人所有)。
2、专卖店：取得该品牌所有者或公司正式授权的企业法人。
3、专营店：在中国大陆注册的企业法人。
三、在经营范围上的区别：
1、旗舰店：同一品牌、同一个一级类目下的所有产品。
2、专卖店：授权品牌下同一级类目内的所有产品。
3、专营店则没有明确规定。
所以，专卖店是获得了授权，旗舰店是自家开的，等于一个是加盟店，一个是直营店，所以旗舰店受制于品牌，在管理上也会更正规，专卖店虽然有合同约束，但在管理上基本上是自我经营。
但是在京东上，只分自营和第三方，一般自营就是旗舰店，但有一些旗舰店还是自家经营得，此外第三方和淘宝上的普通商家一样。
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