还是我来回答吧。看了不少回答，很多都是在猜、估计、感觉，也有说的对的人，但是没有说的特别具体。
1、秘书长、副秘书长和市政府办主任、副主任之间的区别，以及导致的座次区别。
秘书长编制在市政府，属于市政府领导（不是市级领导）。市政府办主任编制在政府办，属于部门领导。副秘书长和政府办副主任同理，所以，这就是为什么，副秘书长明明级别是副处级，座次会在县长书记局长之前，这就像，开会的时候，一级局副局长的座次在二级局局长之前。所以这里讨论的是政治排序，而非实际权力。
这里就反驳了很多人认为副秘书长坐县长书记中间，是因为县长书记“让”“给面子”“副秘书长背后的副市长”，公开场合的政治规矩是非常严谨的事情，这个不会让来让去，他能坐中间，是规矩使然，不是出于人情世故。
通常情况下，秘书长会兼任政府办主任，如果不兼任，一般由排名第一的副秘书长兼任。办公室成长起来的副主任，一般下一步是副秘书长的人选。年轻的副秘书长下一步有可能给县长，年纪大的可能给部门，因人而异。当然，现在情况还有点变化，尤其是一路在办公室成长起来的副秘书长，下去很多先给副书记或者常务（还经常让兼任乡镇书记），让再历练历练，然后再给县长。
2、权力的大小。
这个我思考了好久，不知道怎么回答，因为从不同的方面来说，比较出的结果是完全不同的。
单论职位本身，作为市长大管家，秘书长虽然负责非常多的事情，还需要协调各个副市长的工作，工作非常重要，但是，每一项每一款实际的工作都有相应的部门在抓，教育、交通、水利、住建等等，他都不是直接去管，一年经他手头的资金，需要他拍板决定的项目，比不过正科级的县局局长。更别说和县委书记、局长比了。所以总结就是，工作很重要，但是含资金量、含审批量、含工程量几乎为零。
但是论影响力，那又是另一番天地了。县委书记、局长需要对秘书长客气，时不时还会请他吃饭什么的，因为工作上他们需要秘书长支持，更要避免秘书长在市长面前三言两语的否定。在一个市里，秘书长几乎可以“平推”，没有什么事情办不了，这一方面是他作为市长权力的延伸，另一方面容易被忽视的，也就是工作本身，一个市政府的中枢机构支持与否对自己的工作开展有非常重要的作用。
一般而言，秘书长都是市长的心腹，市长一般又是未来书记的人选。所以在很多时候，秘书长办事力度，不弱于一个普通副市长，甚至还有可能更有力度，我绝没有半句夸张，在体制内的人都很清楚。
3、前途。
市委秘书长一般都是副厅的情况下，政府秘书长就是常规情况下政治地位排名第一的正处级。半步副厅。我们市至今没有一起没有落下副厅实职的。
这就反驳了很多人说不如县委书记的、不如大局局长的、还要去基层当一圈书记的，这些我很负责任的说给，都是不对的，都是在感觉，在猜测。除非个别情况，95%的情况下，秘书长直接提拔。
理论上，比县委书记靠前，比大局局长靠前，秘书长的产生也基本由这两方面的官员产生。
但是很多人感觉有些县委书记直接提常委，有的秘书长最后只是当了政协副主席，因此觉得县委书记比秘书长靠前，这种想问题的方式就是以点带面了。
因为提拔是一件非常复杂的事情，县委书记也是提拔的绝对的第一梯队，提拔副市长、副厅长、常委、人大政协副职、职校校领导、高校副职、企业副总等等都有，也很普遍，这些和他的政绩、年龄、水平、性别、机遇、天线都有关系，不能一概而论。同时，秘书长如果是县委书记转任，或者大局局长转任，一般年龄也都不小了，因此最终去人大政协不在少数，这不是因为秘书长这个位置的原因，这是年龄的原因。如果年轻一点，去党政副职没有问题的。
实际的情况是，秘书长、老资历的大县县委书记、发改财政等少数三两个大局局长，他们之间并没有谁就一定在谁前面排着，这个和年龄、资历等等都有关系，这哥几个也基本差不多，都是一先一后的事情，最后都剩不下来，都会提拔。但是只讲理论，就是同样的资历、学历、年龄、性别、能力、天线等等，那秘书长无疑第一人选。
总结就是，秘书长半步副厅，最终去哪，以实际情况来说，90%看年龄，年龄小，党政没跑，年龄大，人大政协职校等等都有可能。
