《消失的眼角膜》包含两个独立故事线，剧情融合青春情感与犯罪悬疑，并引发对科技伦理的讨论。
故事以少年青木的单恋展开。青木性格略显笨拙，暗恋邻座女孩桥下。他偶然借到桥下的橡皮擦，发现上面画着爱心并写着同班男生井田的名字。井田看到橡皮擦后，误以为青木对自己有特殊情感，因而惶恐不已。这一误会成为推动情节发展的关键，最终桥下与青木在经历一系列事件后走到一起。这条故事线以校园为背景，通过细腻的情感描写展现了青春期的懵懂与悸动，情感表达纯真而含蓄。
另一条主线围绕眼角膜失踪案展开。幕后操控者姜吉峰通过卡在第11天归还眼角膜，制造不在场证明，实则测试器官运输链条的极限时效。梁先生高价回收眼角膜，目的是验收走私通道的可靠性。姜吉峰团队用12天完成人体器官运输的沙盘推演，将犯罪行为系统化、精密化。方慧表面是被姜吉峰PUA的“傻白甜”，实则可能是其针对警察家属的定向捕捞对象。大结局中，抓捕名单未包含关键人物梁先生，而姜吉峰修复打火机时对“梁”字笔画的改动，暗示他可能已接手梁先生的资源网络，为第二季的反转埋下伏笔。此外，黎小莲反杀佛爷的情节或与红中联手设下计中计，进一步凸显犯罪网络的复杂性。
影片通过犯罪情节引发社会对科技进步与伦理道德的广泛讨论。人体器官研究的伦理边界、科技进步对人性的影响成为核心议题。例如，器官走私链条的精密化反映了科技被滥用的风险，而姜吉峰利用“善举”掩盖犯罪的行为，则揭示了新形态反派如何将城市变为犯罪沙盘。这些情节促使观众反思：在科技高速发展的背景下，如何平衡创新与伦理，避免技术成为侵害人权的工具。
