《新世纪福音战士ANIMA》是TV版第24话后的平行世界作品，核心人物设定围绕对抗SEELE残党展开，角色关系延续原作框架但剧情方向转向科幻战斗与哲学隐喻，主要人物如下：
碇真嗣作为故事主角，17岁的真嗣已成长为可靠领袖。在人类补完计划未发动的三年后，他主导对抗SEELE残党的行动，承担起保护NERV日本本部的责任。其角色定位从原作的被动适应者转变为积极行动的决策者，同步率随年龄增长出现衰减的设定（平行世界核心规则之一）进一步强化了其成长代价的叙事逻辑。
绫波丽以克隆体协同作战为核心设定，存在多个克隆个体。小说第15卷中，发色银灰、身穿黑色洋装的克隆体成为关键角色，其与真嗣的互动（如强吻情节）突破了原作中“人偶式”的疏离感，暗示克隆体情感模块的进化。这一设定既延续了绫波丽作为“容器”的符号意义，又通过个体差异探索了人性与机械的边界。
明日香重获驾驶资格后，明日香成为对抗SEELE残党的主力战斗员。其角色回归强化了“适格者”体系的延续性，同步率衰减设定对其战斗风格产生直接影响，迫使她依赖情报宫武器强化系统（平行世界新增科技）弥补身体机能下降，体现了科技与人体极限的博弈。
冬治与洞木光作为新适格者加入战斗序列，二人代表NERV新生代力量。冬治的登场填补了原作中“第三适格者”位置的空白，而洞木光从原作学生会长到战斗员的转变，则暗示NERV在平行世界中扩大了适格者选拔范围，以应对更严峻的战争形势。
加持良治以揭露SEELE阴谋的关键角色身份回归，推动NERV日本本部启用F型EVA对抗量产机。其情报操控能力在平行世界中进一步强化，成为连接NERV与SEELE残党技术对抗的核心纽带，延续了原作中“双重间谍”的复杂定位。
SEELE残党作为反派势力，构建了生物兵器体系（如堕天使阿梅勒斯），与NERV的EVA形成科技对抗。其制造的堕天使阿梅勒斯具备量子操控能力，直接挑战了EVA的同步率系统，成为推动剧情升级的核心矛盾点。
