主要原因一条：东晋皇室两次反杀成功。
第一次是反杀权臣王敦；第二次更厉害，反杀了拿下建康称帝的桓玄。这回刘裕是亲历者。刘裕晚年家族找不着可靠长者，诸子年幼，他不会留着恭帝徒增悬念。
次要两条：
一是刘裕的军队在关中栽了跟头，短期统一无望。那么杀死恭帝以绝人望是个可选项。
二是刘裕和谢晦下手都挺黑。
刘裕消灭刘毅和诸葛长民的过程都是迅速果断，没理由对残晋手软。
而宋代晋的重要推手谢晦也是个狠角色（后面废杀刘义符兄弟也是快且狠不留余地，颇有致敬故主刘裕的意味）。最怕东晋复燃的人是刘裕，第二就是谢晦。说不准谢晦在诛杀晋室近支的决策中扮演了什么角色。
