历史上并没有发生什么“正统年间旧港被满者伯夷吞并”这件事，我们只能说，现存对于旧港宣慰司的最后记载时间是正统五年见于琉球历代宝案的旧港与琉球的往来文书，这以后的旧港施氏政权的情况不见于汉文史籍记载了。
郑和下西洋，明朝官方在南洋的最重要的据点是设在属国满剌加的官厂，号称“外府”。而明朝对旧港的定位就只是土司。而且，第一任旧港宣慰使施进卿死后，旧港发生继承纠纷，女儿施二姐和儿子施济孙争位：
施济孙虽然得到了明朝册封并颁赐了新印，但从郑和随从马欢的记载看，权力仍在施二姐手上。这点从琉球历代宝案也可得见。宣德三年琉球与旧港的书信：
施主烈智孙当即施济孙，或许施济孙曾联络日本寻求支持。而旧港回信署名“三佛齐国宝林邦愚妇俾那智施氏大娘仔”，施氏大娘仔当即施二姐，她才是旧港的“管事官”，“宝林邦”即旧港，“俾那智”即马来语“首领”。见于琉球历代宝案的施二姐的称呼还有“本目娘”“本头娘”，应当都是“本头目娘”的缩写，最后一封见于正统五年，可见施二姐在旧港的统治至迟维持到1440年。
由此推测施二姐应当没有受封宣慰使，施济孙显然已被架空（如果没被杀的话）。一些学者认为从马欢记载看郑和支持施二姐、进而认为她受封宣慰使，恐怕不合理，一来郑和不可能违反皇帝命令，二来如果施二姐有强合法性的朝廷封号，不可能不对外使用。施二姐统治旧港，似乎更多依靠的是来自爪哇的合法性背书。
明朝并不愿大力加以经营旧港，其原因就在于旧港（三佛齐）与爪哇关系密切，从洪武年间的三佛齐事件以来，明朝官方对旧港、对爪哇就一直不信任。元朝跨海远征爪哇失败后，爪哇满者伯夷帝国强盛一方，三佛齐是其属国。按郑永常《海禁的转折：明初东亚沿海国际形势与郑和下西洋》考证，洪武十年，三佛齐国王去世，新王全面倒向明朝，接受明朝隆重册封，导致爪哇出兵攻灭三佛齐，并屠杀明朝使团，而朱元璋鉴于元朝南征失败的教训，只能对爪哇进行经济制裁。朱棣即位后，派郑和率大军南下，重点扶持马六甲，其实就是洪武朝扶持三佛齐分化爪哇的继续。而此时三佛齐已经亡国，处于无政府状态，“国中大乱，爪哇亦不能尽有其地，华人流寓者往往起而据之”，这些华侨与爪哇关系密切，陈祖义拦截海道等海盗行为当系爪哇支持。洪武时期三佛齐事件之时，朱元璋就指责“三佛齐乃生间谍”，指的也是旧港当地的亲爪哇势力。郑和消灭陈祖义，任命施进卿为旧港宣慰使，也许初衷有加以重用的意图，但就结果而言，旧港华侨仍与爪哇保持亲密关系，《明史》载“进卿虽受朝命，犹服属爪哇”，这显然很让明朝失望。
事实上当时爪哇境内，华人聚落还有不少。《瀛涯胜览》记载“杜板……约有千余家，以二头目为主，其间多有中国广东、漳州人居流此地”，又有“革儿昔，原系沽滩之地，盖因中国之人来此创居，遂名新村，至今村主广东人也，约有千余家”。爪哇华侨在满者伯夷政权下保持自治地位而且垄断商路，而马六甲兴起后，旧港-爪哇不在郑和下西洋的主航道上，这种背景下，旧港华侨的立场更偏向于爪哇，也就再正常不过了。而且华侨在印尼的商业利益并不仅在旧港，施氏一边担任明朝的土司，一边接受爪哇任命，并在爪哇其他港口也有自己的产业。
印尼史料记载俾那智晚年搬到爪哇的新村（革儿昔）居住并担任蕃舶长，其养子苏南·吉里后来成为革儿昔的伊斯兰教长，娶了满者伯夷的公主，被印尼穆斯林尊为圣人，是推动印尼伊斯兰化的重要人物。这个“俾那智”很可能就是施二姐。也有认为可能是她的姐姐，因为印尼传说俾那智是旧港统治者的妻子，后被放逐到爪哇新村，所以推测施二姐可能放逐了她的姐姐。但实际上传说不一定会跟历史完全契合，“大娘子”是宋明时期对女性的常用称呼。或许严格来说，从施二姐执政开始，旧港宣慰司就已经不复存在了，她是否晚年移居新村，以及她的印尼化的后人在做什么，明朝政府完全不在乎。
明朝在东南亚华人自治社区还有很多半官方的任命，比如见于家谱记载的永乐三年任命的吕宋总督许柴佬，此“总督”实际是相当于华侨社区领事之类的职务，《三宝垄华人编年史》记载郑和任命“哈芝”黄达京管理占城华人穆斯林社区，又任命颜英祖从吕宋调任爪哇的杜板，颜英祖也从满者伯夷受封“阿鲁耶”头衔，应当都是类似的华侨社区的半官方管理机构。这些社区本质和旧港一样，只不过旧港在明朝的官位最大，有正式的土司封号罢了。
明朝停下西洋以后，南海各个华侨社区跟中国的联系日渐疏远，《三宝垄华人编年史》记载从黄瑞和开始“没有事事与中国联系”、“采用爪哇语”，时间大致是1450-1475年。旧港华侨应该也是这一时期逐渐跟爪哇人同化。唐宋元时期南海商道掌握在阿拉伯-波斯人手里，也就是元代的色目人，但其实这些人至迟在宋代就已经高度中国化，自我认同是中国人，讲汉语，信仰伊斯兰教，郑和下西洋可以说是这个群体最后的辉煌，按今天的民族划分应该算回族。明朝海禁以后，他们逐渐跟海洋脱钩，留在南洋的回族华侨被东南亚土著同化（以及用伊斯兰信仰同化了当地人），又由于明朝海禁并不禁止渔民出海，闽粤渔民转型走私南海商业，东南亚汉族移民才逐渐多了起来。
最后附带写一下旧港的结局。尽管史料非常有限，但大致还是可以勾勒出来。这里最重要的史料是《三宝垄华人编年史》，是近代荷兰人依据三宝垄三宝公庙华人档案整理的编年史的节录本，由于原档在战乱中已丢失，现仅存一篇马来文的整理附录，中译文在2008年黄山书社出版的《东南亚的郑和记忆与文化诠释》书中有收录。《编年史》提到了明朝永乐宣德时期对南洋华侨的治理情况，以及旧港的后续历史：
可以看到，在永乐宣德时期，南洋被视作中国属地，南洋回民华侨社区之前的管理中心在占婆，之后改隶南京守备太监管辖，华侨社区领袖由明朝从外地派人担任，并且是流官，比如颜英祖（又译颜英裕）原在马尼拉，后来调任爪哇的杜板。停下西洋以后明朝不再派人赴任，以致颜英祖死后，黄瑞和（一般译为彭瑞和）只能自行接管当地华人社区的领导权，而不再事事与明朝联系了，之后语言也改成爪哇语，融入本地社会。
汉文史料里提到旧港施氏最后一次出现是正统五年(1440)，而《编年史》颜英祖任命孙龙为旧港甲必丹是1443年，旧港施氏政权完结应该就是在这三年。尽管编年史提到“杜板征服了旧港、折孙和三巴斯”，似乎发生了战争，但考虑到印尼史料提到的担任革儿昔港主的“俾那智施大娘子”很可能与统治旧港的施二姐是同一人，与其理解为旧港被爪哇吞并，不如认为是迫于华侨集团内外压力而调任革儿昔更为合理（如果不是同一人，也可以理解为，施二姐执政时放逐了姐姐施大姐，施大姐在爪哇担任革儿昔港主，1440-1443年杜板华侨征服旧港。但这种可能性并不大，因为“大娘子”是宋明女性通用称呼，施二姐未必有姐姐）。甚至不排除这种可能，旧港宣慰使可能一直是施济孙而不是施二姐，只不过没有实权，而此时施济孙去世，无人袭职，颜英祖乘机废除旧港土司，降为一般华侨社区，然后按华侨社区的管理惯例，将施二姐调往新村任职，另派孙龙管理旧港。
《三宝垄编年史》也并不把杜板控制旧港视作旧港亡于爪哇，反而认为杜板、旧港以及折孙和三巴斯等都是中国属地。这一史实也正说明了，我们对永乐宣德时期明朝南洋统治的理解，切不可被仅旧港正式受封土司而局限，旧港在明朝的南洋属地里有特殊性（正式封土司），但当时类似性质的华侨社区在南洋还有很多，而且同样都在明朝直接管辖下。
实际上，从明朝的角度而言，施二姐执政时期，旧港宣慰司就已经名存实废了。离开了正式的土司封号，旧港在当时人眼里，与杜板、新村的华人社区并没有不同，无论是否发生战争，颜英祖任命孙龙管理旧港、而施氏调任新村，都很难简单视为“爪哇吞并旧港”。明朝丢失南洋属地的原因，并不是“爪哇攻占旧港”，而是明朝不再派人去管理南洋华侨，导致南洋华侨的本地化。
