题主说的是对的，按理来说应该是一个学科门类对应一个颜色，这个应该是国际惯例的，无论是英美还是周边地区都是这样，美国的学科分类方法还比较激进，划分的非常细致，你去看他们的颜色图标跟看彩虹一样。。。
但为什么我国只有六个呢？个人认为这是一个历史遗留问题，1992年有一个文件叫做《中华人民共和国学科分类与代码国家标准》，在这套标准中，学科只有五个门类，分别是，自然科学（理科）、人文与社会科学（文科），工程与技术科学（工科）、农业科学（农科）、医药科学（医科）。但这套分类体系到现在基本上处于“弃之不用”的状态，大家更多的使用“本科专业目录”和“研究生专业目录”两个文件。
如果你把这五个门类对应到这个文件中的五个颜色，你会发现，除了一些小变动外，其他的都很合理。
人文与社会科学：粉色
工程与技术科学：黄色
自然科学：灰色
农业科学：绿色
医药科学：白色
除了一个军事学没有外，其他的都是一一对应的，而在这个文件中没有现在的军事学，所以军事学这个颜色可能是后来加进去的。
一点小脑洞。
