猎鹿博弈和囚徒博弈的本质区别在于 “双方都选择合作”这个策略组合是否稳定（均衡）。具体来说，猎鹿博弈中双方都选择逐鹿是一个稳定、可保持的状态，而囚徒博弈中双方都选择隐瞒犯罪事实却并不是一个稳定、可保持的状态。
通过支付矩阵可以很清楚地看到这一点：
在双方都选择逐鹿的条件下，任何人改变自己的策略去选择逐兔，都会减少自身收益（4<10），所以没有人有动力去做决策上的改变，双方都逐鹿是稳定的结果（博弈均衡）。
同理，在在双方都选择逐兔的条件下，任何人改变自己的策略去选择逐鹿，也都会减少自身收益（0<4），所以没有人有动力去做决策上的改变，双方都逐兔也是稳定的结果（博弈均衡）。
所以逐鹿博弈有两个纳什均衡。
在囚徒博弈中，就算双方约定一起隐瞒罪行，也会产生动态不一致性，因为任何人改变自己的策略去选择坦白，都可以增加自身收益（0>-1），每个人都有动力去做决策上的改变，所以双方都隐瞒是不稳定的（非博弈均衡）。
同理，在双方都选择坦白的情况下，任何人改变自己的策略去选择隐瞒，都会减少自身收益（-10<-8），所以两人都没有动力去改变选择、去隐瞒罪行。所以，(坦白,坦白)是该博弈唯一的均衡，也是可预测的理性人博弈的唯一结果。
综合以上分析，两个博弈在结果上产生了这样的差异：囚徒博弈无论如何偏离帕累托最优；而逐鹿博弈有两个均衡解，在两人事先不通气的情况下，可能达到帕累托最优，事先约定的情况下可以达到帕累托最优。
我们把情境抽象使之一般化：“逐鹿”和“隐瞒犯罪事实”=合作策略，“逐兔”和“坦白”=不合作策略。即以上差异可以阐述为：逐鹿博弈有可能会产生两人合作的结果，而囚徒博弈并不会。
为什么会产生这样的差异？本质上，是两个博弈支付（pay off）的不同，导致一个对合作行为有激励一个对合作行为无激励，影响了参与人行为，从而影响了博弈结果。两个案例的差异可以运用于机制设计：制度设计者可以对(合作,不合作)策略的收益进行调整，引导参与人行为，操纵博弈结果。
