题主的问题很难回答，因为切嗣并不是可以用对错来解释的角色。
虚渊玄在F/Z里面成功地塑造了两个完全对立又十分类似的人物，卫宫切嗣和言峰绮礼。两个人对待敌人的手法类似，为达目的不择手段，但是作为读者，我们可以很轻易地分辨出正邪，根本区别就在于两个人的世界观和对善恶的认知。
如果从结果导向分析，切嗣无疑是错的。他杀人如麻，手段卑鄙，行走于法律和道德的灰色地带。如果真的将切嗣所做的一切行为放在现代法律体系下进行审判的话，恐怕几十次死刑是免不了的了。这也是法律存在的根基之一，无论理由是否正义，错误的行为就是错误的，只有接受惩罚才能为你的错误赎罪。
但是如果从动机出发，切嗣无疑又是正确的。“成为正义的伙伴”，他的理想从未改变。为了不让更多人受害，他亲手射杀了自己的父亲；为了不让飞机里的死徒进入城市，他亲手打下了载着“母亲”的飞机；为了让更少的人受害，他自愿进入黑暗，用残酷的手段保护着他希望保护的人。对于切嗣来说，他一切的行为只为了一个理由，保护更多的人。
所以说，切嗣只是“为了正确的目的，使用了错误的手段”的人而已。其实这样也可以理解为何圣杯会在市民会馆选择切嗣，并在他心中化作黑爱丽斯菲尔和他对话。圣杯本身就是集世间之恶的所在，在圣杯眼中，切嗣的手段就是圣杯会采取的手段，因此相对于当时还没有完全认识自我的言峰绮礼，切嗣当然是一个更加理想的选择。
只不过相对于圣杯，切嗣心中对善恶的标准是正常的。或者说，他比绝大部分人更加高尚。为了拯救别人，为了保持世界的纯洁，他自己站在乌黑恶臭的泥潭里，用自己的身躯托起他所想守护的世界。我想大部分读者喜欢切嗣也是因为这点，“无论他曾经做过什么，他真的是个好人啊”。这种说法虽然从逻辑上来讲十分荒谬，但是却是每一个支持切嗣的人心中最真实的写照。
当然，这些都是我们作为旁观者，在上帝视角下对切嗣的评价，对于他自己来说，恐怕就更复杂了。
从我们可以了解的情况，切嗣的世界观至少崩坏了两次。第一次是小时候，因为爸爸的实验导致爱慕的女孩成为死徒，而又因为自己的软弱，整个村庄化作一片火海。恐怕从切嗣亲手杀死自己的父亲开始，他的世界观就从“为了成为正义的伙伴，我要帮助更多的人”变成了“为了拯救更多的人，为了成为正义的伙伴，无论什么样的手段，什么样的牺牲都是值得的”。也正是在这种世界观的支配下，他用火箭弹打下了娜塔莉亚的飞机，用卑鄙的手段杀死了lancer和他的master，也和saber的隔阂越来越深。
而第二次是在圣杯的黑泥中。当他真的了解到圣杯是什么，了解到自己所选择的手段意味着什么的时候，他的理想崩溃了。因为他发现他无法拯救所有人，甚至连拯救自己的都做不到。这也是为何他在燃烧的废墟中找到士郎时如此激动。他已经无法面对自己，无法拯救自己了，他需要一个精神支柱来拯救自己。这里我们可以看到小说中士郎在回忆被救的经历的时候所说的话：
但是我并不认为切嗣由此就放弃了自己的理想。不管是FSN还是后来的UBW动画中都反复出现了这样一个场景：
切嗣在生命的最后，看着士郎走上了和自己当年相同的道路。尽管了解在士郎面前的道路将会是无限的绝望和痛苦，但是带着“即使士郎走上和自己一样的道路，也绝不会变成自己”这样的觉悟，切嗣并没有阻止士郎，而是得到救赎一般说着“这样的话我就可以安心了”，满足地离开了。如果那个时候让切嗣来评价自己的话，我想他应该会得出和读者相同的结论，“采取了错误的手段，去追求了最崇高的理想”。
以上，一家之言，仅供参考。
ps. 无论切嗣是对是错，谨以此回答致敬这个行走在黑暗中坚守光明的男人。
