如果你们学校没有组织报名参赛，可以直接找赛区或者全国组委会报名。现在你们学校是有组织的，只是出于某种考虑，要求必须同一学院内组队。这种情况我估计你们很难绕过学校直接报名。即使报了名，将来拿了成绩，也有可能学校不认可。
几点建议：
1、与学校沟通，指导组或者教务部门，了解一下为什么不能跨院组队，竞赛本身是没有这样限制的。争取能够取消这样的限制，或者特事特办。以往的经验表明，不同专业的同学组队更容易获得好成绩。
2、向全国组委会咨询这种情况怎么办。网站：全国大学生数学建模竞赛。我个人估计，最大的可能还是让你们找赛区或者学校。因为竞赛是两级评阅，赛区不接受你们报名的话，初评就没办法评，论文不可能不经过赛区直接送到全国。（如果可以不经过赛区直接送到全国，那将来大家都会这样报名，那就全乱套了。）
3、如果你们不在意最后的成绩是否能够被学校认可，或许可以直接向赛区直接报名。但是赛区这样做的可能性不大。
总之，不乐观，要做工作，关键还是学校内。
