简单来说，生物医学工程专业是一门用工程学原理、方法和技术解决现代医疗问题的专业。也就是说，虽然生物医学工程与生物和医学有一定的联系，但它的本质还是工程。因此，理解这个专业的正确方式是把“工程”看成中心词，把“生物医学”看成修饰词。用工程的方式去解决一些生物医学的问题，才是这个专业的真正意义所在。
BME开设在工程学院下，其本质偏工程，在MS学位基础上还会提供工程硕士学位（Master of Engineering,简称M.Eng）的选项，大多属于coursework-only degree （授课型硕士学位）。
过去30-40年，随着医疗领域技术的革新（例如微型控制器的普及，计算机计算能力的增强，可穿戴式设备和智能手机的结合）生物工程技术在医学的应用越加广泛，而当一个单独分支繁荣到足够支撑整一个商业体系，它便从原来的分支独立开来了，如同生物统计独立于统计学，人工智能独立于计算机科学一样。正是人们对幸福生活和健康的追求催生了生物医学工程的繁荣，因此现在美国BME专业的开设的数量也远高于传统的Bioengineering专业。
BME专业提供给了未来想从事医学领域的同学更有针对性的课程，特别是为那些本科非医学相关但是有志于进入医学领域（攻读医学博士MD）的同学补充人体生理学、生物学等背景提供了一个好的桥梁。举个例子，生物工程有信号和系统（Signals and Systems）分支，他们会学习影像学原理、信号传递等相关的课程，但BME专业的同学会深入学习超声诊断成像、生物医学信号处理和信号建模、磁共振成像原理等针对性更强的专业，他们工程技术如何应用到医学领域有一个更为深入的见解。
