以当时的法律和法令看，到底因为什么原因，才让蔡元培这样倾向于支持自由民权的人反对工农运动的。
1912年临时参议院确立的《临时约法》第六条1至3款和第九条，确立了常人犯罪必须以正当方式审判和处置。
广州军政府1924年制定的法令《农民协会章程》和《革命政府对农民运动第一次宣言》明确的指出，农民协会和农民自卫军，可以进行监督工作，执行自卫职责，可以申请罢免不合格官员。但对恶霸地主犯罪行为的惩治，必须让法院审判定罪，他们可以协助，但不能越权。
广州非常国会1922年制定的《人民保护条例》规定，抓捕人拘押只能48小时，这中间必须让司法机关下文确定罪名罪行，然后才能继续拘押判刑，如果不符合就必须释放，非法的还可以要求上诉赔偿。
1918年的法令《批内政部敕令》要求行政和司法必须分开，县一级开始就得设置司法机构，禁止行政部门行使司法权。
南京临时政府以及临时参议院，广州军政府以及非常国会，有一系列法律法令，确立了如何解决土地问题，惩治恶霸地主需要证据和司法机关定罪审判，禁止私刑，禁止随意抓人。
1926年10月开始，农民协会在两湖地区，开始超过一般界限，要求有特殊地位，不允许被批评，然而党政军和个人都能批评，农会有不准批评的特殊地位，很明显不对。
恶霸地主再怎么罪大恶极，也必须有证据，待司法机关定罪量刑审判以后，再根据情节处置（判刑坐牢，死刑处决）。
而农民协会和农民自卫军进行越权处置，自行抓捕杀人，固然是杀掉了一些真正犯罪的恶霸地主，但由于其中存在循私报复，必定杀掉了相当一部分非恶霸地主的普通农民，制造了一定数量的冤假错案。行为上也是非法之举。
继续维持甚至扩大政法不分的知事制度，而不去建立基层法院审判犯罪行为，这很明显是违法越权的行为，也肯定会导致冤假错案（因为没有程序正义和缺少查证）。
最后的结论：
1926年秋到1927年春夏，相当多地区的农民协会，取得了不准批评的超然地位，许多投机分子出于私欲因素，构陷未犯罪的常人是恶霸地主进行没收和抓捕处决，形成许多冤假错案。大量地区不进行政法分离，继续维持甚至扩大非法的政法合一制度。自然会形成严重侵权。
当时严重的违宪违法和侵权因素在逐渐增加，工农运动开始脱离法治轨道，私刑和政法不分迅速膨胀。行为中开始背离民国南京临时政府和广州军政府的一系列正确法律法令，违背孙文的许多明确指示。冤假错案在大量增长。
这自然让许多常人乃至蔡元培这样支持自由民权的人物有严重不满，出于制止侵权违法的观点，认为需要加以制裁。
但后续有另外一类同样要违法篡权，建立自己黄色恐怖的势力，对此进行了利用和歪曲，彻底扶持恶霸地主，扼杀工农正当权利和自卫，那就是另一种邪恶了，一个错误倾向，是不能掩盖另一个错误倾向的。
