剧场版时间线与当年TV版故事时间线接近，如：
M1，2先于TV大学教授杀人事件（灰原哀登场）
M3后于魔术爱好者杀人事件
M4，5早于满月篇
M13晚于风林火山篇（大和敢助）早于雾中尖叫的魔女（山村操）
从M17开始剧场版上映当日TV版会同步播出联动故事，使剧场版故事更完整（如M21中园子感冒的原因等等）
值得注意的是，剧场版剧情计入原作设定，剧场版不仅为原作贡献了白鸟任三郎警官，绫小路文麿警官等经典形象，还贡献了许多原作未提及的剧情。例如修学旅行篇中大冈红叶设定为第二次与主角团见面（第一次是M21），妖精之唇篇中设定服部平次第二次与基德交手（第一次是M3），以及小五郎的枪法等等设定都来源于剧场版。
