先明确一下日本的修士不是申请制的，而是考学制的，和国内考研一样，谁分数高谁合格，不看硬件条件。而题主提到的需要申请的是日本的“研究生”，不同于国内的硕士研究生，日本的研究生没有学位，在籍期间的全部任务就是准备修士考试。日本研究生基本上都是没有统一的考试的，所以是非常吃背景，研究生的申请都卷到985+中流211+均分90分+托福80分+N1了，反而是直考，因为有统一的考试确定同学们的专业知识基础，出身校和均分对考试的影响几乎没有，只要专业知识过关就可以。
如果参加直考的话，分为书类选考+笔试+面试三个环节。书类选考就是需要我们按照募集要项的要求准备材料，虽然基本上不少材料都能出愿，但为了以防有些年份因为报考人数太多，教务有可能会根据成绩进行第一次筛人的情况，同学GPA是可以的，再考出个日语N1会比较稳妥。在此基础上，因为日本教授非常重视学生的科研能力，所以一定要好好写研究计划书。由于题主本科期间没搞出来科研成果，只是踏踏实实地写好了本科论文，那么就以本科论文为中心去写。而且日本大学院都是开设教授主页，具体介绍教授的研究方向的，写的时候可以参考一下，让我们的研究计划书主题（硕士期间想做的研究内容）和候选教授的研究方向一致性最大化。特别提醒一点，写完研究计划书后，一定要隔一段时间就复盘一下，保证自己对研究计划书内容熟悉，这样在面对以专业知识为中心的面试时，才能对答如流。
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到了笔试环节，因为一般入试是不看我们出身校和硬件条件的，只要通过了第一轮书类选考，教务没卡我们的材料，做上笔试卷子的时候大家的起跑线都是统一的。虽然日本大学院都是独立命题的，但考察方向和国内考研大致相同，完全可以先根据考研参考书复习大框架，快考试了再入手目标专业的过去问（大部分是直接从学校官网下载，也有小部分在学校书店售卖），缩小备考范围，进行有针对性的复习。同时也一定要记好在笔试时刷到的专业词汇的读法，在面试时也用得上。
最后，面试会以专业性的问题为主。具体来说的话，就是以题主事先交给教授的研究计划书的内容为主。所以在面试之前，题主一定要反复看自己的研究计划书，对自己要做的研究内容，以及研究室的研究主题非常熟悉。此外，要注意积累专业内一些术语的读法写法，以免无法用流利的日语表达我们的专业知识储备，同时因为JLPT的考试没有口语的考试，而纯日语的面试就会对在国内学了“哑巴日语”的同学非常不利，所以也要注意日语口语表达能力的提高。
以上，希望能帮到题主！建议题主先以直考为目标，认真备考，能直接参加考试最好，如果不够有信心，还准备研究生过度的话，暂时只参考上述书类选考和面试的部分即可，作为研究生入学后，再仔细准备笔试的相关内容。预祝题主学习生活顺利，考学季金榜题名！
