区别还是很大的。群岛水域是指群岛基线以内，内水以外的区域。至于说群岛内水，则是指群岛所属国在各个岛屿的河口、海湾、港口处按照基线规则划定的封闭线内部的水域。
至于说二者各自范围内的法律地位也很不一样。内水是群岛所属国完全主权所及的范围，外国船舶一律非请勿入。当然，对于在港口停泊的外籍船舶，除非涉及扰乱港口安宁、受害者为沿岸国及其国民，案情重大或者船旗国领事或船长请求时沿岸国才拥有管辖权。
而外国船舶在群岛所属国的群岛水域享有和领海相类似的无害通过权。所谓无害通过权即船舶可以不经沿岸国许可，以连续穿越为目的地穿越群岛水域。当然，群岛所属国还可以指定适当的海道和其上空的空中通道，以方便外国船舶及飞机连续不停地迅速通过或飞越该群岛水域及其邻接的领海海区。
当然，群岛水域与群岛内水之间也有联系，就是说群岛水域、群岛内水、群岛领海共同构成了该群岛所属国的领水。
