东晋司马家政权本身不是一个有牢固统治基础的政权，真正决定东晋政权稳定的要素包括东晋门阀势力、军队实力派倾向、北方国际形势等。桓玄篡位之所以失败，有他自身能力不足的原因，也有他没有彻底解决门阀势力和军队实力派中的反对势力。桓家本身属于门阀势力，但不是传统高门，一方面他不可能进行彻底改革消除门阀势力，真正整合底层力量支持其统治，一方面也无法获得其他传统门阀的支持，西边荆州势力与东边北府兵势力的矛盾也一直存在。所以桓玄虽然上台，反对势力依然足够强大，不能有效实施统治。
但桓玄的簒晋，进一步暴露了司马氏的虚弱，给了刘裕整合北府兵势力的机会，同时也造成门阀势力进一步洗牌，这些反而为刘裕上台奠定了基础。
